温泉蛋的制作原理，是让水温控制在67℃上下，烹煮时长在20分钟左右。巴氏灭菌法（pasteurization），又称低温消毒法，就是将原材料加热至68到70℃，并保持此温度30分钟以后，急速冷却到4-5℃，巴氏灭菌法此前主要用于牛奶的加工，目的是在杀死细菌的同时使乳质尽可能少地发生变化。
温泉的烹饪过程本质上就是对鸡蛋进行巴氏消毒的过程。恒定的温度状态下，不仅对鸡蛋进行了杀菌消毒处理，并且保证大多数营养元素不流失。
鸡蛋中最让人担心的莫过于沙门氏菌，美国农业部针对杀灭沙门氏菌所需的温度和时间公布过一个官方指导意见：只要温度超过70摄氏度，就能在瞬间杀死绝大部份沙门氏菌（每1千万个细菌中可能有一个残留，所谓的7－log10原则，认为可以安全食用）。小孩子吃蛋应尽量选择有冷链保存配送的正规大品牌厂商，如圣迪乐村等。
如果想吃温泉蛋，有两点可以参考，一是选择正规厂家出产的新鲜蛋，二是选择好的烹煮器材，比如67℃蛋机（国内新出的一款煮温泉蛋的煮蛋器），可以让温泉蛋的口感达到一个较高的水准。